De wet natuurbescherming kent een soortenbeschermingsregime waarbij wordt teruggegrepen op de Europese Habitatrichtlijn om de te bepalen welke soorten in welke mate beschermd zijn. Zo geldt op de grond van artikel 3.5 van de Wet natuurbescherming voor de Atlantische steur en de houting. Deze vissen mogen in hun natuurlijke verspreidingsgebied niet opzettelijk worden gevangen, gedood of verstoord. Daarnaast mogen de rust- en voorplantingsplaatsen van deze dieren niet worden beschadigd of vernield.
Voor de elft, fint en zalm gelden jaarrond gesloten tijden en voor de rivierprik een gesloten tijd van 1 maart tot en met 30 april en van 1 november tot en met 31 januari.
Los van de hierboven genoemde, uit de Habitatrichtlijn voorvloeiende bescherming, is het verboden om de beekdonderpad, beekprik, elrits, Europese rivierkreeft, gestippelde alver, grote modderkruiper en kwabaal opzettelijk te verstoren of te vernielen. Dit verbod is opgenomen in artikel 3.10 van de Wet natuurbescherming.
Tot slot kent de Wet natuurbescherming via artikel 1.11 een algemene zorgplicht voor alle in het wild levende dieren. Deze zorgplicht houdt in dat eenieder die weet of redelijkerwijs kan vermoeden dat door zijn handelen of nalaten nadelige effecten kunnen optreden, dit handelen achterwege laat of minimaliseert, om zo de negatieve gevolgen te beperken. Overigens geldt deze algemene zorgplicht niet wanneer men overeenkomstig de Visserijwet 1963 handelt. Wanneer men dus het recht heeft om ergens te vissen, dat mag men bijvoorbeeld overeenkomstig de regels van de Visserijwet 1963 een vis doden voor consumptie.